reind32 обрабатывает только DB таблицы
Можешь попробывать другой вариант.
Проверь наличие папки NEWDB в C:\rk6 , там лежат чистые базы, запусти UPGRK32.EXE он как-бы обновит действующие базы и выполнит перекачку из старой UDB в новую. Возможно, восстановит индексы.
НО!!! Это только мои предположения!!!
Точный ответ может дать только UCS.

Недавно столкнулся с такой же проблемой: При построении куба либо при удалении блюда выдает "No index currently active".

Переиндексация и прочее не решало проблемы.

Что было: отсутствовал файлик MSPrice.PX - индексный файл. Переиндексация его не восстанавливает, что за таблица - не понял, пустая у меня.

Возможно еще какие-то .PX отсутствуют в вашем случае.
Берите из дистрибов.

Все заработало.